Naruto Uzumaki, el capitán Yamato, Sakura y Sai son asignados en una misión para capturar a Mukade, quien es un ninja renegado. A raiz de su busqueda llegan a las ruinas de la otrora gloriosa ciudad de rouran, una ciudad que una vez tuvo miles de torres y se localizaba en medio del desierto. El plan de Mukade es viajar al pasado y tomar el control de las cinco grandes naciones ninja con el poder de Ryuumyaku, un antiguo flujo de chakra en las profundidades de Rouran.
